该研究针对冷冻电镜(cryo-EM)中姿态估计、异质性分析与三维重建等逆问题通常被独立处理、却共享同一分子结构与成像物理机制的问题,提出学习跨任务的共享潜在表示。作者采用自蒸馏方法,结合全局与掩码图像块两类互补目标,并通过受控合成与实验评估发现,密集空间特征更有利于结构判别。据此,团队构建了EMber系列视觉Transformer,在来自214个EMPIAR数据集的逾5000万张实验粒子图像及26.8万个分子组装体的模拟投影上预训练。结果显示,EMber在构象与组成判别上分别较现有方法提升14.85和14.26个百分点,线性探针估计构象群体比例的误差在1.59个百分点以内,并能以更少训练轮次获得参考级重建质量,表明统一表示可有效服务于多种冷冻电镜逆问题。
| Cryo-EM | 冷冻电子显微镜,一种用于解析生物大分子三维结构的成像技术。 |
| Inverse Problems | 逆问题,指从观测数据反推系统内部参数或结构的问题,如从粒子图像推断姿态和结构。 |
| Self-distillation | 自蒸馏,一种知识蒸馏方法,模型通过自身生成的软标签进行训练,无需外部教师模型。 |
| Vision Transformers | 视觉变换器,一种基于自注意力机制的神经网络架构,广泛应用于图像分析任务。 |
| Conformational Heterogeneity | 构象异质性,指同一生物分子在溶液中存在多种不同三维构象的现象。 |
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